Buhara’da doğdu. Asıl adı Şemseddin Muhammed’dir. Seyyid olduğu için “Emîr”, çömlekçilik yaparak geçimini sağladığı için “Külâl” unvanları verilen ve Emîr Külâl diye tanınan babası Seyyid Ali Buhara’nın tanınmış mutasavvıflarındandır. Seyyid Ali, Bahâeddin Nakşibend’in aynı unvanı taşıyan mürşidi Emîr Külâl ile karıştırılmamalıdır. Emîr Sultan’ın 770 (1368-69) yılı civarında doğduğu tahmin edilmektedir. Çocukluk yılları hakkında bilgi bulunmamakla birlikte iyi bir tahsil gördüğü söylenebilir. Bizzat kendi ifadesine dayanılarak yazıldığı söylenen menâkıbnâmelerin birçoğuna ve onlara dayanan tarih ve biyografi kitaplarına göre soyu yedinci kuşakta on ikinci imam Muhammed el-Mehdî el-Muntazar’a ulaşır. Bazı menâkıbnâmelerde Muhammed el-Mehdî’den önceki isim Hasan el-Askerî yerine Ali şeklinde kaydedilmiştir. Ancak Muhammed el-Mehdî’nin küçük yaşta vuku bulduğu kabul edilen gaybeti ve dolayısıyla evlenmemiş olması, bu soy şeceresi hakkında tereddütlere ve çeşitli te’villere yol açmıştır. Onun İmam Mehdî’nin değil sekizinci imam Ali er-Rızâ’nın soyundan geldiği söylenmişse de (Mehmed Şemseddin, s. 4) Ali er-Rızâ’nın Muhammed et-Takī’den başka oğlu olmadığı bilindiğine (Tabersî, s. 329) ve kaynaklarda Muhammed et-Takī’nin soyundan geldiğine dair bir rivayet bulunmadığına göre bu görüş de doğru olmamalıdır. Akrabası olduğunu söyleyen Emîr Hasan Nûrî, Emîr Sultan’ın yedinci İmam Mûsâ el-Kâzım’ın oğlu İbrâhim’in soyundan geldiğini bildirerek farklı bir silsile kaydeder. İmam Mûsâ el-Kâzım’ın gerçekten İbrâhim adlı bir oğlu bulunduğuna göre en mâkul rivayetin bu olduğu düşünülebilir.
Babası Seyyid Ali, Fars ve Tacik dillerinde çömlekçi manasına gelen “külal” lakabıyla tanınan devrinin büyüklerinden, herkes tarafından sevilen sayılan bir zaat idi. Muhammed Şemseddin 18 yaşında iken, babası Seyyid Ali her fani gibi Allah’ın rahmetine kavuşmuştur. Ölmeden oğlu Muhammed Şemseddin’e vasiyet manasına gelen şu ibretli tavsiyelerde bulunur;
“ – Hiçbir zaman soyunla övünme,
– Peygamberi(s.a.v) anne ve babandan çok sev,
– Selamsız bir topluluğa girme,
– Nikahsız bir kadınla baş başa kalma,
– Her gününü son gününmüş gibi yaşa,
– Cihadı terk etme,
– İlim öğrenmek için çalış”.
Babasının vefatından birkaç yıl sonra hac vazifesini yapmak üzere kutsal topraklara yola çıkar. Buhara’dan Mekke’ye uzunca bir yolculuğa çıkar. Mekke’de hac farizasını yerine getirir ve oradan Medine’ye geçer. Fakat hac mevsimi olmasından dolayı Medine’de konaklama sıkıntısı yaşanmaktadır. Mescid-i Nebevi’nin etrafında bir odanın girişinde kapıda “Bu oda seyyidlere (Peygamber Efendimiz’in soyundan gelenlere) aittir” yazısını görünce o odaya yerleşir. Bunu gören odanın sakinlerinden birisi “ Burası seyyidlere aittir. Siz neden yerleştiniz.” der.
Muhammed Şemseddin ise “Ben seyidim, bunu ispat etmek için buyurun ceddim Peygamber Efendimiz(s.a.v)’in huzuruna gidip selam verelim, hangimizin selamına cevap verirse biliniz ki o seyyiddir”der. Bu teklif kabul görür ve herkes edepli bir şekilde huzura girer ve selam verir.
Muhammed Şemseddin’in “ Es selamu aleyke ya ceddi” selamına Efendimiz(s.a.v)’ın “Aleyküm selam ya veledi” dediği işitilir. Bu olay üzerine seyyidliği bizzat Efendimiz(s.a.v) tarafından tasdik edilmiş olur.
Muhammed Şemseddin’in niyeti Medine’ye yerleşip, bir taraftan baba mesleği olan çömlekçilik ile geçimini temin edip diğer taraftan ilim ve irşad ile uğraşmaktı. Bir gece rüyasında Peygamberimiz(s.a.v) ve Hz. Ali Efendimiz kendisine bir vazife verirler. Derler ki; “Evladım, sen artık Medine’de yaşamak değil Anadolu’ya hicret ederek orada halkı irşad ile görevlendirildin. Bu yolculuk esnasında sana üç tane nurlu kandil verilecek, onların seni götürdüğü yere kadar git. Kandillerin nurunun söndüğü yerde dur, dergahını orda kur ve irşada başla, kabrin dahi orada olsun”.
Muhammed Şemseddin aldığı bu manevi işaret ve emir üzerine uzun bir yolculuktan sonra kandillerin söndüğü yere Bursa’ya gelir, yerleşir. 1391 yılında Bursa’ya gelip halkı irşada başlayan Emir Sultan’ın şanı çok çabuk duyulur.
Bu dönemde Osmanlı Devleti’nin padişahı Yıldırım Bayezid Han olup, yapılan seferler ile sınırlar gittikçe genişlemekteydi. Emir Sultan, 25–26 yaşlarındayken Yıldırım Bayezıd’ın kızı Hundi Fatma Sultan hanımla evlenmiştir. Bu evliliğin hikmeti ise, her ikisinin de gördüğü rüyadır. Her ikisinin de rüyasında Peygamberimiz(s.a.v) onları birbirine nikahlamıştır. Molla Fenari’nin aracılığı ile nikâh kıyılır. Onun deyimiyle Allah resulü ve Osmanoğulları dünür oluyordu.
Edirne civarında fetihte olan Yıldırım Bayezid’in bu karardan haberi yoktur. Nikâhları kıyılıp evlendikten kısa bir süre sonra, saraydan biri, muharebe için balkanlarda seferde bulunan padişaha; “-Kızınız bir gece kaçıp, zelil, fakir bir dervişe vardı.” diyince padişah sinirlenir ve her ikisinin de öldürülmesi için askerler görevlendirir.
Bu sıralarda Bursa kadısı olan Molla Fenarî, Yıldırım Bayezıd’a bir mektup yazarak durumu bildirir. Emir Sultan Hazretlerinin kerametlerinden, Hazreti Peygamber’in torunu olduğundan, Peygamber’e dünür olmanın herkese nasip olmayacağından, böyle ulu bir zatın Bursa’ya gelmesinin bir şeref ve İslam ehli için mutluluk vesilesi olduğundan bahseder. Aleyhinde söylenen sözlerin de kötü niyetli kişilerce uydurulmuş olduğunu belirtir.
Bir büyük kerameti de Balkan fetihleri sırasında gerçekleşmiştir; Macaristan’ın büyük bir kısmı fethedilmiş, ancak Engirus Kalesi bir türlü alınamamıştı. Padişah kalenin düşmesinden ümidi kesmek üzereyken, , bir sabah şafak vakti kale kapılarını açan bir genç görülür. Kalenin fethi tamamlandıktan sonra padişah bu gencin bulunmasını emreder. Gencin kale kapısını açtığını gören çoktur, fakat aransa da bulunamamıştır. Tekbir sesleriyle Bursa’ya dönülür. Halkın sevinci sonsuzdur. Hamd-ü senalar sürerken, padişahın gözünü bir yere diktiği ve yüzünden ışıklar saçıldığı görülür. Günlerdir zihnini meşgul eden sorunun cevabını bulmuş gibidir. Emir Sultan’ın yanına giderek : “Engirus Kalesinin fethinde kapıyı açan genç siz miydiniz?” diye sorar. Emir Sultan ; “Evet bu fakir dervişti” diye cevap verir. Yıldırım Han onu kucaklamış, Molla Fenarî’nin bu kişinin öldürtmek istediği damadı Emir Sultan olduğunu söylemesi üzerine sevinci bir kat daha artmıştır.
Yıldırım Bayezıd, 1396 yılında cereyan eden Niğbolu Savaşı’nı kazanırsam 20 adet camii yaptıracağım diye söz verir. Savaş sonucunda galip geldiğinde, Yıldırım Han, Bursa’ya döner ve kararını damadına açar. Bunun üzerine Emir Sultan’da, yirmi camii yerine yirmi kubbeli bir camii yaptırmasını teklif eder. Bu teklifi kabul eden padişah, Bursa Ulu Cami’yi yaptırır.
Emir Sultan Hz. Başta Yıldırım Bayezid Han olmak üzere Çelebi Mehmed ve Sultan İkinci Murad Han’a manevi sultanlık yapmış ve onlara daima hakkı tavsiye etmiştir.
İslam’ın tebliğ edilmesi hususunda Emir Sultan Hazretleri’nin sohbetleri, insanlara kılıçtan daha tesirli olmuştur. Ankara Savaşı’nın önlenmesi için Yıldırım Bayezid Han’a adeta yalvarmış, savaşın felaket olacağını bildirmiş fakat önüne geçememiştir. Ankara Savaşı ile devlet adeta yıkılmanın eşiğine gelmiştir. Fetret Devrinde Çelebi Mehmed’in yanında yer alarak devletin yeniden tanzim edilmesinde olayın maneviyat cephesini oluşturmuştur. Emir Sultan Hazretlerinin takip ettiği yolda en önemli taraf, kendisini ziyarete gelen ahaliyi İslam’ın ve Osmanlı Devleti’nin güçlü bir hadimi kılmak için gösterdiği titizliktir. Onları beylerin arkasında akıncılar arasında katılmaya, padişaha saygı ve itaate, devlete daima sahip çıkmaya ve en iyi şekilde hizmete özendiriyordu. Her şeyh aynı zamanda sanki bir alay kumandanıydı. Bursa’dan Viyana’ya kadar uzanan fetihlerde, derviş gazilerin ve şeyhlerin büyük katkısı vardır. Emir Sultan Hazretleri; Beyler, paşalar, sultanlar, askerler, köylüler, çiftçi, tüccar ve onu tanıyan, duyan herkes tarafından sevilen, hürmet ve muhabbetle anılan bir şahsiyettir.
1429 yılında Peygamber Efendimiz(s.a.v) ahirete intikal ettiği yaşta iken Hakk’a yürüyen Emir Sultan Hazretleri’nin cenaze namazını vasiyeti üzerine Hacı Bayram-ı Veli kıldırmıştır.
Emir Sultan Hazretleri’nin naaşı, Bursa’da Emir Sultan Külliyesi içinde yer alan türbesine defnedilmiştir. Vefatından sonra da halkın ve sultanların kendisine hürmeti devam etmiştir. Buna örnek olarak; Yavuz Sultan Selim Han, Mısır’ı fethe giderken Emir Sultan Hz’nin türbesini ziyaret etmiş ve dualarda bulunmuştur. Emir Sultan Hazretleri Bursa’nın manevi mimarı, gönüllerin fethini gerçekleştiren sultanı olmuştur.